Nach positiver Absolvierung der Lehrveranstaltung sind Studierende in der Lage proteomische Fragestellungen zu identifizieren, sei es in der Grundlagenforschung, in der angewandten Forschung oder Qualitätskontrolle. Lernziel ist es, verschiedene Strategien zu kennen und die richtige für die diversen Fragestellungen aussuchen zu können. Studierende werden diverse Proteomikexperimente designen können und die Probenvorbereitung, Proteomikanalysen und bioinformatische Datenanalyse theoretisch anwenden können. Das inkludiert das Wissen, wie man Proteine und Peptide mittels elektrophoretischer und flüssigchromatographischer (LC) Methoden separiert, wie man Proteine und komplexe Proteome mittels Tandem-Massenspektrometrie (MS/MS), Ionenmobilität (IMS) und LC-(IMS)-MS/MS Datenanalyse identifiziert, charakterisiert und quantifiziert, und wie man Proteine und ihre Modifikationen funktionell annotiert. Ebenso werden die Studierenden die statistische Auswertung proteomischer Daten lernen und damit Proteinidentifizierungskonfidenz und signifikante quantitative Unterschiede errechnen können.
Strategien und Methoden der Proteomanalyse: Ausgangsbedingungen und Definition der Fragestellung, Probenvorbereitung inkl. Methoden zur Reduktion der Proteomkomplexität, Identifizierung und Quantifizierung der Proteine, Strukturcharakterisierung der Proteine und deren posttranslationalen und anderen Modifikationen, funktionelle Proteomik, High-throughput Techniken, (Tandem) Massenspektrometrie, Ionenmobilität, Flüssigchromatographie, Erläuterung der bioinformatischen Werkzeuge zur Proteinidentifizierung, -quantifizierung und annotation
Vorlesung mit praktischer Übung (z. B. manuelle MS/MS Spektruminterpretation eines Peptids, Nutzung von Webtools)
Präsentation und Diskussion von Anwendungsbeispielen
