Nach positiver Absolvierung der Lehrveranstaltung sind Studierende in der Lage proteomische Fragestellungen zu identifizieren, sei es in der Grundlagenforschung, in der angewandten Forschung oder Qualitätskontrolle. Lernziel ist es, verschiedene Strategien zu kennen und die richtige für die diversen Fragestellungen aussuchen zu können. Studierende werden diverse Proteomikexperimente designen können und die Probenvorbereitung, Proteomikanalysen und bioinformatische Datenanalyse theoretisch anwenden können. Das inkludiert das Wissen, wie man Proteine mittels elektrophoretischer und chromatographischer Methoden separiert, wie man Proteine und komplexe Proteome mittels Massenspektrometrie und LC-MS/MS Datenanalyse identifiziert, charakterisiert und quantifiziert, und wie man Proteine und ihre Modifikationen funktionell annotiert. Ebenso werden Die Studierenden, die statistische Auswertung proteomischer Daten lernen und damit Proteinidentifizierungskonfidenz und signifikante quantitative Unterschiede errechnen können.
Methoden und Strategien der Proteomanalyse: Ausgangsbedingungen und Definition der Fragestellung, Probenvorbereitung inkl. Methoden zur Reduktion der Proteomkomplexität, Trennung der Proteoms, Bildverarbeitung und Quantifizierung der Proteine, Identifizierung der Komponenten inkl. Erläuterung der bioinformatischen Werkzeuge, Strukturcharakterisierung der Proteine und deren posttranslationalen und produktionsbedingten Modifikationen, funktionelle Proteomik, High-throughput Techniken
Vorlesung mit praktischer Übung (z. B. manuelle MS/MS Spektruminterpretation eines Peptids, Nutzung von Webtools)
Präsentation und Diskussion von Anwendungsbeispielen
